In Weesp komen de Oosterspoorweg, de Flevolijn en de Schiphollijn bij elkaar. Weesp is daardoor een belangrijk overstapstation voor reizigers tussenAmsterdam/Schiphol en Almere/Hilversum. 

Het huidige station bestaat uit 2 eilandperrons, en in totaal 6 sporen, waarvan 2 sporen voor doorgaande treinen. Op de eilandperrons wordt veel gebruikgemaakt van cross-platform-overstap.

Het eerste station van Weesp is geopend in 1872 bij aanleg van de Gooilijn en weer gesloopt in 1967. In 1967 werd het tweede station geopend. Dit werd deels buiten dienst gesteld in 1985. Een deel hiervan werd vervolgens als fietsenstalling gebruikt. Na een grondige verbouwing in 2013 is nagenoeg het hele stationsgebouw uit 1967 als (bewaakte) fietsenstalling in gebruik genomen.

Het station heeft zijn huidige omvang gekregen in 1985, voor de in 1987 deels gereed gekomen Flevolijn. Hierbij is ook de Vechtbrug, die vlakbij het station ligt, verdubbeld. Doordat Station Weesp een overstapstation is, heeft het veel forensenverkeer te verwerken. Daarom is ook een tweede spoorbrug aangelegd over het Amsterdam-Rijnkanaal. Beide bruggen zijn dubbelsporig. De nabij Weesp gelegen Gooiboog maakt het sinds 2003 mogelijk om rechtstreeks van Hilversum naar Almere te reizen; reizigers wordt zo een overstap in Weesp bespaard.